新竹交通大學與上海交通大學，西安交通大學，北京交通大學，西南交通大學五校一家，同根同源。
一，創立
盛宣懷：上海交通大學創辦人
光緒22年（1896年），盛宣懷於上海創建南洋公學，標誌着上海交通大學的成立。
南洋公學隸屬於招商局和電報局，校內設立師範學院、外院、中院和上院四院，首任督辦爲盛宣懷，總理爲何嗣焜。
1905年改隸商部，更名爲“商部高等實業學校”。1906年改隸郵傳部，更名爲“郵傳部上海高等實業學校”。1911年改稱爲“南洋大學堂”。
二，合併
凌鴻勳：兩次擔任交通大學校長
1912年民國成立，南洋大學堂改隸交通部，更名爲“交通部上海工業專門學校”。1920年凌鴻勳代理校長。
北洋政府交通總長葉恭綽以交通部所屬上海工業專門學校、唐山工業專門學校、北平鐵路管理學校、北平郵電學校四校散居各地，管理困難。於1921年統一學制，統稱交通大學。而分稱各校爲交通大學上海學校（滬校）、唐山學校（唐校）、北京學校（平校）。1922年因北洋政府派系內鬥，葉恭綽下臺，交通大學解體。1924年至1927年凌鴻勳再次擔任校長。
1928年國民政府再次將滬、平、唐三校合併組成“交通大學”。滬校爲總校所在地，唐校爲土木工程學院，平校爲鐵路管理學院。
1937年七七事變，滬校遷往重慶，唐校和平校則遷到遵義。
1945年交通大學滬校遷回上海。
三，新竹復辦
新竹交通大學校徽
1958年凌鴻勳在新竹復辦交通大學，李熙謀擔任校長。
1969年清華大學與交通大學共同舉辦梅竹錦標對抗賽。
1974年交通大學前校長凌鴻勳贈送“知新致遠，崇實篤行”牌匾予交通大學，自此成爲新竹交通大學校訓。
四，支持統一
新竹交通大學與上海交通大學，西安交通大學，北京交通大學，西南交通大學並稱“五校一家”，強調“飲水思源，同行致遠”的精神。飲水思源紀念碑也成爲各校精神團結的象徵。
新竹交通大學師生多爲統派，支持統一。